一是接受申請。擬出口國（地區）以書面方式向海關總署提出對華出口水產品正式申請。海關總署遵照世界貿易組織《實施衛生與植物衛生措施協定》規定的總體原則，根據出口國（地區）水生動物疫情狀況和食品安全狀況，決定是否啟動準入程序。如啟動，會向擬出口國（地區）提交相關水產品的風險評估問卷。
　　二是組織評估。海關總署組織專家組對擬出口國（地區）官方提供的答卷及相關技術資料進行風險評估，形成評估報告。評估過程中，根據需要，商擬出口國（地區）同意，可派專家組進行實地考察，也可進行驗證性考察，以確認相關信息和操作的真實性、一致性。
　　三是磋商檢驗檢疫要求。根據評估結果，雙方就對華出口水產品的檢驗檢疫衛生要求進行磋商，達成一致后確定檢驗檢疫要求（包括簽署檢驗檢疫議定書、備忘錄或公告公布的檢驗檢疫要求），確認輸華產品獸醫衛生證書內容和格式。
　　四是企業注冊。在完成以上評估審查程序后，擬輸華企業按照要求在海關總署進行注冊，海關總署發布《符合評估審查要求的國家或地區輸華水產品名單》，同時擬出口國（地區）需向海關總署提供官方簽字獸醫官等信息。
　　五是進口商備案和檢疫許可。中國進口商應按照有關規定，取得進口食品收貨人備案資格。如進口養殖產品，應申請從已準入國家（地區）的注冊企業進口水產品的《中華人民共和國進境動植物檢疫許可證》。進口商應進口符合相關檢驗檢疫要求的水產品。產品抵達中國口岸后，由中國海關實施檢驗檢疫。